A sede da AMECS, adquirida na gestão do Presidente Dr. José Brugger comporta todo o 10º andar do prédio localizada na rua Marquês do Herval, 1344 em frente a Praça Central Dante Alighieri. A sede, porém, só foi inaugurada na gestão do presidente Dr. Milton Comassetto.
	A sede abriga a secretaria da associação, o auditório onde são realizadas as palestras e eventos com a participação de vários profissionais da área médica. Há ainda no andar da associação um espaço físico para coffee-break, que atende as   necessidades dos eventos realizados na sede. Além disso, a sede é composta de uma sala de reuniões e a sala da diretoria onde estão expostas as fotografias dos ex-presidentes da AMECS.

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